1990 – 2003

Acquistato nel 1990 dal presidente giallorosso Dino Viola per 6 miliardi di lire, trascorre tredici stagioni nelle file della Roma, con la quale vince una Coppa Italia nella stagione 1990-1991, un campionato di Serie A nel 2000-2001 e una Supercoppa italiana nel 2001.

Soprannominato Pluto dai tifosi della Roma, diventa uno dei simboli della compagine capitolina, imponendosi come uno dei difensori più forti del mondo; grazie alla sua eleganza e classe diventa la colonna portante della difesa romanista.

All’inizio della stagione 1998-1999, dopo la partenza di Abel Balbo, viene indicato come nuovo capitano della squadra, ma dopo alcuni mesi cede la fascia all’allora talento emergente Francesco Totti.

La stagione 2002-2003 è la sua ultima con la maglia della Roma. Al termine della stagione, per festeggiare la sua lunga militanza con i giallorossi capitolini, la sera del 2 giugno 2003 viene organizzato l’Aldair Day, con un incontro di calcio tra Roma e nazionale brasiliana nel quale Aldair gioca il primo tempo con i sudamericani e il secondo con i capitolini.

Nell’occasione la società giallorossa, in suo onore, decide inizialmente di ritirare la sua maglia numero 6; la scelta permane in casa romanista per i successivi dieci anni, fino alla stagione 2013-2014, quando la casacca torna a essere assegnata anche su spinta dello stesso Aldair. In precedenza, il 20 settembre 2012 il brasiliano era stato tra i primi 11 giocatori a essere inserito nella hall of fame del club capitolino.