1990 – 2003
Fez a sua estreia na seleção principal a 15 de março de 1989, contra o Equador.
Após dois amistosos contra Paraguai e Portugal, Aldair foi convocado para a Copa América de 1989.
Inicialmente reserva, tornou-se titular durante a competição, disputando seis partidas: ao final da Copa, o Brasil sagrou-se campeão. No mesmo ano, participou também das eliminatórias para a Copa do Mundo de 1990.
Em 1990, disputou três amistosos e foi convocado para a Copa do Mundo da Itália, mas não chegou a ser utilizado na competição, pois foi considerado reserva de Carlos Mozer, Mauro Galvão e Ricardo Gomes pelo técnico.
Voltou à seleção em 1994, estreando-se a 3 de maio contra a Islândia: jogou os amigáveis de preparação para o Mundial contra o Canadá e as Honduras e estreou-se no Mundial de 1994 contra a Rússia a 20 de junho.
Durante o Campeonato do Mundo foi titular no centro da defesa, ao lado de Márcio Santos, e conquistou o título, tendo mesmo jogado a final contra a Itália. Aliás, inicialmente era reserva, mas passou a ser titular com as lesões de Ricardo Gomes e Ricardo Rocha.
Convocado para a Copa América de 1995, jogou todo o torneio como titular no centro da defesa, chegando a marcar um golo contra os Estados Unidos.
Foi, com Bebeto e Rivaldo, um dos três jogadores de fora convocados para os Jogos Olímpicos de Atlanta, em 1996. Nessa ocasião, o Brasil conquistou a medalha de bronze. Em 1997, disputou todos os jogos da Copa América desde o início, marcando mais um golo (contra o México) e conquistando o seu segundo título continental.
No Campeonato do Mundo de 1998 foi novamente escolhido como defesa central titular, desta vez ao lado de Júnior Baiano, e jogou todo o torneio, incluindo a final perdida por 3-0 para a França.
Fez o seu último jogo pela seleção nacional a 28 de junho de 2000, frente ao Uruguai.
Aldair