1990 – 2003

Comprado em 1990 pelo presidente dos Giallorossi, Dino Viola, por 6 mil milhões de liras, passou treze temporadas na Roma, com a qual conquistou uma Taça de Itália na época de 1990-1991, um campeonato da Serie A em 2000-2001 e uma Supertaça de Itália em 2001.

Apelidado de Pluto pelos adeptos da Roma, tornou-se um dos símbolos da equipa, afirmando-se como um dos defesas mais fortes do mundo; graças à sua elegância e classe, tornou-se a espinha dorsal da defesa da Roma.

No início da época de 1998-1999, após a saída de Abel Balbo, foi nomeado o novo capitão da equipa, mas passados poucos meses entregou a braçadeira ao então jovem talento Francesco Totti.

A época 2002-03 foi a sua última com a camisola da Roma. No final da época, para celebrar a sua longa história com os Giallorossi, foi organizado, na noite de 2 de junho de 2003, o Aldair Day, com um jogo de futebol entre a Roma e a seleção brasileira, em que Aldair jogou a primeira parte com os sul-americanos e a segunda com os Capitolini.

Nessa ocasião, o clube Giallorossi, em sua homenagem, decidiu inicialmente retirar a sua camisola número 6; a escolha permaneceu na Roma durante os dez anos seguintes, até à época 2013-14, quando a camisola foi devolvida a pedido do próprio Aldair. Anteriormente, a 20 de setembro de 2012, o brasileiro tinha estado entre os primeiros 11 jogadores a serem introduzidos no hall da fama do clube da capital